Инкубационный период около 2 нед. Заболевание развивается постепенно. Процесс начинается в области слизистой оболочки переходных складок век: конъюнктива утолщается, становится вишнево-красного цвета, неровной, бугристой. Наблюдается выраженная гиперплазия лимфоидных фолликулов. В роговице развивается воспалительная лимфоидная инфильтрация и поверхностная васкуляризация, что приводит к тому, что весь ее верхний сегмент становится мутным, утолщенным и неровным, как бы прикрытым нависающей плёнкой — образуется паннус (от греческого «pannus»- занавеска). При присоединении бактериальной флоры возникают длительно незаживающие язвы роговицы с последующим рубцеванием и слепотой.
Воспалительный процесс прогрессирует, что приводит к рубцеванию конъюнктивы, разрушению слезных протоков, слезной железы. Веки деформируются, заворачиваются внутрь, ресницы травмируют роговицу, вызывая вторичные язвы. Возникновению язв, присоединению бактериальной флоры способствует сухость (ксероз) глаза, обусловленная поражением слезного аппарата. Трахома принимает хроническое течение на многие годы. Прогноз серьезный — слепота.