Возбудители энтеровирусных инфекций относятся к семейству пикорнавирусов, роду энтеровирусов, который объединяет полиомиелитные — полиовирусы (1-3-го типов) и неполиомиелитные вирусы групп Коксаки А (24 серовара), Коксаки В (6 сероваров), ECHO (34 серовара) и неклассифицированные энтеровирусы человека типов 68-71.
Тип 72 вызывает развитие вирусного гепатита А и рассматривается отдельно. Энтеровирусы имеют небольшие размеры (22-30 нм), содержат РНК, реплицируются в цитоплазме зараженных клеток и отличаются довольно высокой устойчивостью во внешней среде. Вирус инактивируется хлорсодержащими препаратами, раствором формальдегида, а также при нагревании, кипячении, ультрафиолетовом облучении.