Заболевание может протекать в острой, подострой и хронической формах. В течении болезни выделяют следующие периоды: инкубационный, начальный, разгара и реконвалесценции. По степени тяжести различают легкие, средней тяжести и тяжелые формы. Инкубационный период длится 3—32 дня. Заболевание начинается остро, с ознобом, быстрым повышением температуры до 39—40 °С, развитием интоксикационного синдрома. Больные отмечают слабость, разбитость, недомогание, потливость, сильную головную боль. Характерны периорбитальные боли, артралгии и миалгии. Возможно носовое кровотечение. У ряда больных возникает сухой кашель, сопровождающийся болезненными ощущениями. При тяжелом течении болезни наблюдаются бессонница, головокружение, делириозный синдром, явления менингизма. Лихорадочный период продолжается в среднем 7—9 дней. Снижение температуры происходит постепенно. У некоторых больных после снижения температура держится на субфебрильных цифрах, через несколько дней может вновь повышаться, изменение температуры носит волнообразный характер.
С первых дней заболевания у больных появляются покраснение лица, инъекция склер, гиперемия зева. В некоторых случаях появляется розеолезная сыпь.
При обследовании больных Ку-лихорадкой наблюдаются брадикардия, умеренная артериальная гипотензия, приглушение сердечных тонов, иногда систолический шум на верхушке сердца. Эти признаки носят непостоянный характер.
У части больных отмечаются признаки поражения органов дыхания: бронхит, трахеит, пневмония. В таких случаях больные предъявляют жалобы на боли в грудной клетке, чувство сдавления за грудиной, кашель, сухой или со скудной мокротой.
Часть больных жалуется на непостоянные боли в животе без четкой локализации, обусловленные спазмом кишечной мускулатуры вследствие поражения вегетативного отдела нервной системы. Нередко выявляется увеличение печени и селезенки, наблюдается задержка стула.
Картина крови характеризуется лейкопенией, умеренным увеличением СОЭ. В моче наблюдаются протеинурия, гематурия, цилиндрурия.
Острая форма Ку-лихорадки протекает в течение 2—3 недель с волнообразной температурной реакцией, умеренно выраженными признаками интоксикации и органными расстройствами. Тяжелое течение и осложнения наблюдаются редко.
Подострая форма характеризуется волнообразным, часто субфебрильным повышением температуры тела в течение 1—3 месяцев. Течение, как правило, легкое или средней тяжести.
Хроническая форма отличается торпидным течением на протяжении от нескольких месяцев до года и более, с частыми рецидивами и поражением легких, миокарда и других органов.