Инкубационный период колеблется от 3 до 30 дней. Различают желтушные и безжелтушные формы лептоспироза, протекающие в легкой, средней и тяжелой формах. В течении болезни выделяют следующие периоды: начальный (лихорадочный), разгар (органных повреждений), реконвалесценции.
Начальный период, продолжающийся около 1 недели, проявляется общетоксическим синдромом и признаками генерализации инфекции.
Характерно острое течение болезни. Наблюдаются озноб, повышение температуры тела до 39—40 °С, возникновение сильной головной боли, головокружение, слабость. Частыми симптомами являются интенсивные миалгии, особенно боли в икроножных мышцах, пальпация мышц болезненна. Лихорадка сохраняется в течение 5—8 дней.
В этот период больные обычно возбуждены, беспокойны. Характерны одутловатость и гиперемия лица, расширение сосудов склер и конъюнктивы. Часто возникают герпетические высыпания на губах и крыльях носа. С 3—6-го дня болезни на коже туловища и конечностей появляется полиморфная сыпь. При тяжелом течении могут обнаруживаться геморрагии на склерах и конъюнктиве, в подмышечных и паховых областях, в локтевых сгибах.
Характерны тахикардия, понижение артериального давления, глухость сердечных тонов. Дыхание учащено соответственно уровню температуры. При тяжелом течении могут наблюдаться признаки дыхательной недостаточности, в дальнейшем появляется кровянистая мокрота. Язык сухой, покрыт бурым налетом. Печень увеличена, слегка болезненна. Часто выявляется микрополилимфаденит. Появляются признаки поражения почек: отмечаются положительный симптом Пастернацкого, уменьшение мочеотделения. В моче выявляются белок, лейкоциты, эритроциты, гиалиновые цилиндры.
У части больных наблюдается менингеальный симптомокомплекс.
Гемограмма в этот период характеризуется нейтрофильным лейкоцитозом со сдвигом формулы влево, значительным увеличением СОЭ.
К концу 1-й — началу 2-й недели болезни температурная реакция и общетоксические явления начинают уменьшаться, но становятся более выраженными органные расстройства. При тяжелой форме болезни развиваются недостаточность функции печени, почек, геморрагический синдром.
Желтуха появляется у ряда больных в течение 1-й недели болезни, а в период разгара быстро прогрессирует, приобретает ярко-желтый оттенок. Многие больные отмечают зуд кожи. По мере нарастания желтухи еще более увеличиваются печень и селезенка, возникают кровоизлияния в кожу и слизистые оболочки.
В период разгара болезни наиболее характерно поражение почек. У больных отмечается еще более значительное уменьшение диуреза, вплоть до анурии. Нарастает протеинурия, в моче содержится большое количество лейкоцитов, эритроцитов, цилиндров, эпителия. Характерны значительное нарастание уровня мочевины, остаточного азота и креатинина в сыворотке крови, гиперкалиемия, ацидотические сдвиги кислотно-основного состояния.
В крайне тяжелых случаях больной может погибнуть от прогрессирующей почечной и печеночной недостаточности.
Выявляются признаки поражения сердечно-сосудистой системы: снижение артериального давления, тахикардия, на ЭКГ отмечаются признаки дистрофии миокарда и нарушения проводимости.
Наряду с симптомами поражения внутренних органов усиливаются проявления геморрагического синдрома в виде желудочно-кишечных и маточных кровотечений, кровоизлияний в легкие, мышцы, надпочечники. Усиливаются признаки анемии.
На фоне своевременной и адекватной терапии при благоприятном течении болезни с 3-й недели заболевания признаки органных расстройств начинают уменьшаться, улучшается самочувствие больных. Однако в некоторых случаях возникают осложнения: поражение глаз, отиты, стоматиты, пневмонии. У части больных возникают рецидивы болезни, протекающие с менее значительными органными и токсическими проявлениями.
Продолжительность болезни в среднем составляет 3—4 недели, при наличии рецидивов может удлиняться до 2—3 месяцев.