Возбудитель заболевания относится к роду лептоспира. Морфологически характеризуется наличием множественных завитков. Лептоспиры грамотрицательны, подвижны. У них наблюдаются поступательное, вращательное и сгибательное движения. Культивируются в анаэробных условиях на специальных средах. При разрушении микроорганизмов выделяется эндотоксин. Фактором патогенности лептоспир является их адгезивность в отношении эндотелиальных клеток сосудов и эритроцитов.
Микроорганизмы устойчивы к действию низких температур, длительно выживают в воде, что обеспечивает их сохраняемость во внешней среде. Лептоспиры малоустойчивы к действию ультрафиолетового облучения, кислот, щелочей, дезинфицирующих средств, нагреванию.