Инкубационный период длится в среднем 3—4 дня. Заболевание начинается остро: с озноба, повышения температуры тела до 39—40 °С, головной и мышечных болей. К концу первых суток появляются симптомы поражения слизистых оболочек: жжение в полости рта, обильное слюнотечение, покраснение глаз, нередко возникают боли при мочеиспускании, дисфункция кишечника. При осмотре отмечаются яркая гиперемия и значительная отечность слизистых оболочек щек, мягкого неба, языка, дужек и губ. Затем появляется большое количество мелких пузырьков — афт, которые вначале наполнены прозрачным, а в дальнейшем мутным содержимым. Через 1—3 суток пузырьки лопаются, на их месте остаются язвочки.
Нередко они сливаются между собой, образуя обширные изъязвления. Наблюдается регионарный лимфаденит.
Больные становятся раздражительными. Поражения слизистых оболочек ротовой полости, носа, уретры, влагалища, конъюнктивы обусловливают соответствующие клинические симптомы.
Диагностическое значение имеют высыпания в межпальцевых складках рук и ног и около ногтей.
При отсутствии осложнений болезнь длится 5—7 дней. Эпителизация наступает на 5-й день от начала заболевания.
На продолжительность и тяжесть заболевания влияют различные осложнения, вызванные вторичной бактериальной флорой, легко проникающей через изъязвления на слизистых оболочках и коже. Это может обусловливать развитие пневмонии, миокардита, сепсиса.