Все процедуры электрофореза разделяют молекулы в соответствии с их зарядом и размером. К молекулам применяется электрическое поле, и поскольку молекулы имеют электрический заряд, возникает сила, действующая на молекулы. Чем больше заряд молекулы, том больше сила, формируемая электрическим полем, и тем дальше молекула будет проходить через поддерживающую среду.
Размер также влияет на то, как далеко молекула будет продвигаться – крупные молекулы не будут продвигаться так далеко, как небольшие молекулы с таким же зарядом. Соотношение заряда и массы молекулы определяет, насколько далеко она проходит через поддерживающую среду.
Какие среды поддерживают электрофорез?
Наиболее часто используемой поддерживающей средой для электрофореза являются различные виды гелей. Гели бывают в блоках или трубках. Гелевые блоки позволяют запускать несколько образцов одновременно, поэтому они наиболее широко применяются в лабораториях. Гели в трубках, с другой стороны, делают возможным лучшее разрешение результатов образцов, поэтому иногда они являются более подходящим вариантом для электрофореза белков.
Распространенным веществом, используемым для электрофореза ДНК и других нуклеиновых кислот, служит агарозный гель. Агароза создает крупнопористую структуру, поэтому крупные молекулы, которые нередко должны проходить через гель для анализа ДНК, могут перемещаться свободнее. Однако если целью является секвенирование меньших ДНК молекул, обычно используется другой вид геля – денатурирующий полиакриламидный гель или просто секвенирующий гель, который дает результаты с намного более высоким разрешением. Такие результаты позволяют ученым различать два сегмента ДНК, которые отличаются только одной парой оснований.
Акриламидные гели обычно применяются для разделения белков. Наиболее распространенной процедурой является электрофорез в полиакриламидном геле (ПААГ) в присутствии додецилсульфата натрия (ДСН). ДСН – это детергент, который денатурирует белки. Этот гель запускается с буфером, который содержит слой ионов с низкой подвижностью и слой ионов с высокой подвижностью. Эти слои помогают отделять белки в соответствии с их размером. Иногда белки также проходят через нативные гели, которые не денатурируют их.
Двумя наиболее передовыми техниками являются капиллярный электрофорез и двумерный электрофорез. Капиллярный электрофорез заставляет молекулы проходить через капиллярную трубку с электрическим зарядом и дает высокоточные результаты. Двумерный электрофорез разделяет молекулы вдоль оси X и оси Y. Молекулы разделяются по размеру вдоль одной оси, и по заряду – вдоль другой оси.
Источник: wisegeek.com