Состояние менопаузы и прием эстрогеновой терапии могут оказать влияние на некоторые неврологические расстройства, включая болезнь Альцгеймера, эпилепсию, мигренозные головные боли, множественный склероз, болезнь Паркинсона, расстройства сна и инсульт. Для большинства из этих заболеваний недостаточно данных о роли гормонотерапии для выработки практических рекомендаций.
Большинство авторов считают, что начало приема эстрогенов уже после возникновения деменции не улучшить когнитивные функции и не замедлит прогрессию заболевания. Начало применения заместительной гормонотерапии после 64 лет по данным исследования Women’s Health Initiative Memory Study повышает риск деменции. Однако во многих обсервационных исследованиях было продемонстрировано наличие протективного эффекта гормонотерапии и риска болезни Альцгеймера. Относительное снижение риска также может объясняться тем, что гормоны обычно назначаются достаточно здоровым женщинам в молодом возрасте близко к началу менопаузы. Существует одна интригующая гипотеза, согласно которой начало заместительной гормонотерапии в раннем критическом окне может в последующем снизить частоту болезни Альцгеймера. Однако имеющиеся в настоящее время данные не позволяют сделать окончательный вывод.