Окончательного мнения о патогенезе биссиноза на сегодняшний день нет. Обсуждаются следующие теории: аллергическая теория, гипотеза прямого воздействия на организм гистамин — либераторов, которые содержаться в пыли хлопка и льна, теория активного действия эндотоксинов грамотрицательных бактерий, обсеменяющих растительную пыль. В последние годы накапливается большее количество данных против аллергической теории и за связь биссиноза с высвобождением биогенных аминов. Термин биссиноз часто встречается в специальной литературе, но также часто заболевание рассматривается как форма экзогенного аллергического альвеолита.