Выделяют две клинические формы сепсиса: септицемию без гнойных метастазов и септикопиемию с гнойными очагами.
При септицемии ведущей является клиническая картина инфекционного токсикоза: сильно страдает общее состояние, первоначальное беспокойство сменяется вялостью, появляются анорексия, срыгивания, неустойчивый стул, метеоризм, температурная реакция, отечный синдром, бледность, мраморность кожных покровов, мышечная гипотония, гипорефлексия. Развиваются пневмопатия (одышка, жесткое дыхание, непостоянные хрипы в легких), кардиопатия (тахи- или брадикардия, приглушенность тонов), гепатоспленомегалия, реакция со стороны почек (олигурия, протеинурия, гематурия), дискинезия желудочно-кишечного тракта.
Септикопиемия протекает чаще с метастазами в головной мозг с развитием гнойного менингита, энцефалита. Наблюдаются также пиемические очаги в виде абсцессов в печени, легких. Реже встречаются метастазы в почках, микарде, суставах, серозных оболочках.
При пупочном сепсисе иногда наблюдается переход септицемии в септикопиемию при появлении второго септического очага с наличием второго возбудителя ("двойной сепсис").
По течению выделяют молниеносную (1-7 дней), острую (4-8 недель) и затяжную (более 6-8 недель) формы заболевания.