Военно-медицинская служба является штатной организацией в составе Вооруженных Сил РФ и подчиняется заместителю министра обороны начальнику Медицинской Службы ВС РФ. Ее организация определяется главным образом структурой Вооруженных Сил, а также содержанием работы и условиями, в которых выполняются поставленные задачи. Медицинская служба возглавляется Центральным военно-медицинским управлением Министерства обороны РФ (ЦВМУ МО РФ) и имеет в своем составе в военное время: медицинскую службу видов Вооруженных Сил, медицинскую службу военных округов, медицинскую службу действующей армии, медицинские части, учреждения и учебные заведения, подчиненные непосредственно ЦВМУ МО РФ.
Медицинская служба действующей армии призвана непосредственно осуществлять медицинское обеспечение боевых действий войск. Она включает войсковую медицинскую службу, которая объединяет силы и средства медицинской службы подразделений, частей и соединений. Ее возглавляет начальник медицинской службы дивизии, в непосредственном подчинении у которого находится отдельный медицинский батальон (ОМЕДБ). Медицинскую службу полка возглавляет начальник медицинской службы полка. Эта служба включает медицинский пункт полка (МПП), медицинскую службу батальонов и других отдельных подразделений полка. Кроме того, в состав медицинской службы действующей армии входят различные лечебные, санитарно-транспортные, санитарно-гигиенические, противоэпидемические и другие части и учреждения.