Диагностика — анамнестические данные (пребывание в эндемичных районах), микроскопия мочи. Обнаружение яиц шистосом (методом овоскопии) расценивается как абсолютный признак инвазии. О возможном заболевании свидетельствуют также гематурия, протеинурия, пиурия. Цистоскопия — очаговая гиперемия слизистой оболочки мочевого пузыря со смазанным сосудистым рисунком. Шистосоматозный бугорок, или "бильгакариома", — наиболее постоянный признак активной инвазии. Бугорки представляют собой слегка возвышающиеся над слизистой оболочкой полусферические прозрачные образования желтого цвета без воспаления окружающей слизистой оболочки.
Другой признак при цистоскопии — полипоидные образования, являющиеся следствием раздражения слизистой оболочки мочевого пузыря продуктами жизнедеятельности микробов. При далеко зашедшем процессе в мочевом пузыре — инфильтраты и язвы шистосоматозного происхождения. Шистосоматозная язва имеет неправильную форму и кратерообразные края. По краю язвы отмечается ободок отека и гиперемии, дно покрыто рыхлыми грануляциями, фибрином или сгустками крови. Язва кровоточит при травматизации и растяжении мочевого пузыря, поэтому цистоскопию рекомендуется проводить при малом его наполнении.
На фоне анемии слизистой оболочки мочевого пузыря нередко видны так называемые песчаные пятна — просвечивающиеся через истонченную слизистую оболочку погибшие кальцифицированные яйца. При цистоскопии можно выявить изменения со стороны устьев мочеточников в виде их деформации. На обзорной рентгенограмме — контуры участков обызвествления.
Диффдиагностику проводят с туберкулезным и опухолевым процессами.