Туберкулез органов мочевой системы и мужских половых органов вызывается специфическим возбудителем — микобактерией туберкулеза (бацилла Коха). Входные ворота и первичный очаг чаще всего локализуются в легких. В результате первичной или вторичной гематогенной диссеминации, микобактерии попадают в кору обеих почек, образуя мельчайшие туберкулезные очажки. В большинстве случаев при хорошей сопротивляемости организма происходит их заживление.
Если полного заживления туберкулезных очагов в коре почек не происходит, они или остаются в затихшем состоянии (дремлющая инфекция) или прогрессируют. Чаще процесс бывает односторонним. Поражение 2-х почек встречается только у 30 % больных. Промежуток времени от момента внедрения микобактерий до клинических признаков туберкулеза почек — 8 лет. Другие пути проникновения возбудителей туберкулеза: лимфогенный, через миндалины, желудочно-кишечный тракт.