Диагноз не вызывает затруднений в поздней стадии. А в ранней стадии из-за полиморфных проявлений заболевания, а также из-за сужения крайней плоти распознавание опухоли может быть затруднено. Основное значение в установлении правильного диагноза имеет результат биопсии.
Распространенность злокачественного опухолевого процесса устанавливается на основании пальпации, ультразвукового исследования и рентгено-радиологических методов, лимфангиоаденографии, рентгеновской компьютерной томографии.
Диффдиагностику рака проводят с остроконечными кондиломами, папилломами, лейкоплакией, кожным рогом. Различают новообразования полового члена, в первую очередь, на основании биопсии и отпечатков очага на стекле с последующим цитологическим исследованием.