Клиническая картина может длительно развиваться бессимптомно, лишь присоединение таких осложнений, как инфекция, образование камня в лоханке или травматическое повреждение пораженной почки, обусловливают первые симптомы заболевания. Гидронефроз проявляется болями в поясничной области (по типу почечной колики). Когда стенка лоханки и чашечек частично замещается соединительной тканью, они теряют способность активно сокращаться, появляются тупые боли в пояснице. Боли при гидронефрозе могут возникать днем и ночью, независимо от того, на каком боку спит больной. Другой важный симптом гидронефроза — гематурия. Макроскопическая гематурия наблюдается у 20 % больных гидронефрозом, микрогематурия — значительно чаще. Повышение температуры во время усиления болей в поясничной области свидетельствует о присоединении инфекции. Прощупать увеличенную почку удается лишь при очень большом гидронефрозе.
Течение асептического одностороннего гидронефроза может быть латентным, больные длтительное время считают себя здоровыми, несмотря на наличие у них прогрессирующего процесса. Даже при далеко зашедшем одностороннем гидронефрозе явления почечной недостаточности не наблюдаются, так как противоположная почка возмещает функцию пораженной.