Возбудителями являются представители микрофлоры полости рта: стафилококки, стрептококки, энтерококки, диплококки, грамположительные и грамотрицательные палочки, грибы рода кандида. В возникновении и развитии одонтогенной инфекции играют не только культуральные свойства микроорганизмов, но и состояние резистентности макроорганизма, определяемое неспецифическими и специфическими факторами защиты, иммунологической реактивностью.
В развитии хронических одонтогенных заболеваний характерна полиэтиологичность, эробно-анаэробные ассоциации из 3-4 видов микроорганизмов, что объясняет тяжелое течение заболевания при микст-инфекциях.