Инфицирующая доза при дизентерии очень мала. Для развития заболевания достаточно 180-200 шигелл. Поэтому гибель большинства проникших в организм возбудителей под действием пищеварительных соков значения практически не имеет.
Оставшиеся бактерии проникают в цитоплазму энтероцитов, что сопровождается выделением энтеро- и цитотоксинов, а их разрушение шигелл — выделением эндотоксинов. Эндотоксин вызывает симптомы общей интоксикации, а также боли в мезогастрии. Повышение секреции жидкостей и солей в просвет тонкой кишки под действием энтеротоксинов обусловливает развитие диарейного синдрома. Одновременно шигеллы внедряются в эпителиальные клетки толстой кишки с развитием колита.
Преимущественное поражение дистальных отделов толстой кишки связано с длительным скоплением в ней кишечного содержимого, токсинов и бактерий.
Нейротоксины вызывают трофические расстройства в слизистой оболочке толстой кишки (отек, кровоизлияния, эрозии, язвы).