В естественных условиях малярия — антропонозная трансмиссивная инвазия, склонная к очаговому распространению.
Источник — инвазированный человек, в крови которого имеются гамонты плазмодиев, больной с первичными и рецидивными проявлениями малярии и паразитоноситель (в том числе и гаметоноситель).
Основной механизм заражения — трансимиссивный, через укус инвазированной самки комаров рода Anopheles, в организме которой завершилась спорогония (так называемая спорозоитная инвазия).
Заражение малярией возможно парентеральным путем при переливании крови, проведении лечебно-диагностических манипуляций недостаточно обработанными инструментами, а также в родах.
Восприимчивость к малярии высокая, особенно у детей раннего возраста, которые в основном заболевают в эндемичных районах. Одновременно возможна естественная резистентность к малярии. Например, у носителей S-гемоглобина.
Малярии свойственна сезонность, так как температура окружающей среды влияет на продолжительность спорогонии и активность переносчиков.
Малярия особенно распространена в странах с теплым влажным климатом.