Дифтерию глотки необходимо дифференцировать с стрептококковой ангиной, инфекционным мононуклеозоом, ангинозно-бубонной формой туляремии, эпидемического паротита.
Дифтерию гортани дифференцируют с ложным крупа при ОРВИ, коревой и другими инфекциями.
Дифференциальную диагностику токсической дифтерии следует проводить с паратонзиллярным абсцессом, инфекционным мононуклеозом, эпидемическим паротитом.