Патогенез краснухи сходен с патогенезом кори. Вирус проникает в организм через слизистые оболочки дыхательных путей, затем внедряется в регионарные лимфоузлы, что клинически проявляется лимфаденитами. Из лимфоузлов вирус поступает в кровь (фаза вирусемии), распространяется по всему организму и фиксируется в лимфоцитах и макрофагах, а также в эпителии кожи (тропизм вируса краснухи к эпителиальной ткани). В коже развивается воспаление с появлением сыпи. После перенесенного заболевания остается стойкий пожизненный иммунитет.
Особенностью вируса краснухи является высокий тропизм к эмбриональным тканям и способность легко преодолевать плацентарный барьер, вызывая формирование тяжелых врожденных пороков у плода, преимущественно в I триместр беременности. Кроме пороков, при краснухе отмечается задержка роста и развития плода, его хроническая гипоксия и ишемия тканей и органов.