Входные ворота инфекции — пищеварительный тракт, куда возбудитель попадает при употреблении в пищу инфицированных продуктов и воды. Бактерии фиксируются в лимфатическом аппарате кишечника, вызывая развитие энтеральной фазы псевдотуберкулеза. По лимфатическим сосудам кишечника возбудитель попадает в регионарные лимфатические узлы — наступает фаза лимфангоита и регионарного лимфаденита. При этом часть микроорганизмов погибает, выделяя эндотоксин, что обусловливает развитие интоксикационного синдрома. При несостоятельности лимфатического барьера развиваются бактериемия, токсинемия и паренхиматозная диссеминация с локализацией возбудителя в клетках системы мононуклеарных фагоцитов. Развивается генерализованная форма.
Значимым патогенетическим фактором является сенсибилизация организма, что иногда приводит к развитию системных заболеваний.
Иммунитет после перенесенной инфекции нестойкий, поэтому возможны обострения и рецидивы заболевания.
Заключительным звеном патогенеза псевдотуберкулеза служит освобождение организма от возбудителя, ведущее к выздоровлению. Клинические данные свидетельствуют о том, что иммунитет развивается медленно и не является достаточно прочным, в связи с чем появляются обострения и рецидивы болезни.