Ботулизм относится к сапрозоонозам. Основной резервуар возбудителя — травоядные животные и реже холоднокровные (рыбы, моллюски, ракообразные), поглощающие споры клостридии с водой и кормом.
Заражение человека происходит при употреблении инфицированных спорами пищевых продуктов, особенно продуктов домашнего консервирования — грибов, овощей, рыбы, мяса, сала и др. Редко встречается раневой ботулизм и ботулизм грудных детей.