Лечение — хирургическое вскрытие и дренирование гнойника. Оперативное лечение представляет значительные трудности в связи с опасностью вскрытия свободной полости плевры или брюшины и инфицированию их. В связи с этим путь к поддиафрагмальному гнойнику должен быть наиболее коротким и без вскрытия серозных полостей. Известны 2 доступа к поддиафрагмальному пространству: чрезбрюшинный; внебрюшинный доступ по А. В. Мельникову или со стороны спины с резекцией ребер. Последний предпочтительнее, так как удается избежать массивного бактериального обсеменения брюшной полости. При использовании этого метода разрез производится по ходу XI-XII ребер от паравертебральной до средне-подмышечной линии. Переходная складка плевры тупым путем отслаивается от диафрагмы кверху, после чего вскрывается диафрагма и опорожняется гнойник.
Следует помнить о возможности рецидива поддиафрагмального абсцесса при неполном его опорожнении или образовании гнойника в новом месте.