Лечение хирургическое. Основной метод операции — вскрытие и дренирование гнойника. Этот способ применяют при одиночных или нескольких крупных абсцессах.
Используют также повторные пункции с аспирацией содержимого гнойника и введением в его полость антибиотиков, если точно известна локализация абсцесса. Возможно дренирование полости абсцесса двухпросветным дренажем, который позволяет проводить длительное отмывание полости гнойника растворами антисептиков и антибиотиков. При мелких множественных септических абсцессах печени хирургическое лечение невозможно.
Кроме того, при паразитарных абсцессах необходимо применение антипаразитарных препаратов (элетина, хингамина и др.), а при сочетании паразитов с микробной флорой — и антибиотикотерапия.