При болезни Крона выявляют значительные нарушения микробиоценоза кишечника. Характерно уменьшение количества бифидобактерий при появлении большого количества патогенной флоры. Предполагают, что органами иммуногенеза вырабатываются аутоантитела к клеткам слизистой оболочки кишечника.
Воспалительный процесс начинается в подслизистом слое и распространяется на все слои кишечной стенки. В подслизистом слое на фоне диффузной инфильтрации лимфоцитами и плазматическими клетками отмечается гиперплазия лимфоидных фолликулов, которые могут изъязвляться. Язвы при болезни Крона имеют удлиненную щелевидную форму и глубоко проникают в подслизистый и мышечный слои, образуя свищи и абсцессы, что и способствует усугублению дисбактериоза. Развивается синдром мальабсорбции. Снижение всасывания железа, витамина В12 и фолиевой кислоты вызывает анемию, чему способствуют и повторные кровопотери.