Основными патогенетическими механизмами являются изменение иммунологической реактивности, дисбактериоз и своеобразие нервно-вегетативных реакций организма.
Дисбактериоз и, в частности, увеличение количества Еscherichia coli и Yersinia оказывают местное токсическое и аллергезирующее влияние. Особенности нервно-вегетативных реакций вызывают дисфункцию вегетативной и гормональной регуляции, а также изменение проницаемости слизистой оболочки толстой кишки. В результате облегчается проникновение антигенов. Известно, что антигены некоторых штаммов Еscherichia coli индуцируют синтез антител к ткани кишечника, это сочетается с действием протеолитических ферментов и других продуктов метаболизма микрофлоры кишечника, что вызывает иммунное и неиммунное воспаление кишечника.