Морфологическим субстратом язвенной болезни является хроническая рецидивирующая язва. В ходе формирования она проходит стадии эрозии и острой язвы.
Эрозии — дефекты слизистой, которые не проникают за мышечную пластинку слизистой. В желудке могут возникать множественные эрозии, которые обычно легко эпителизируются. Но в случаях развития язвенной болезни некоторые эрозии не заживают; некрозу подвергаются не только слизистая, но и более глубокие слои стенки желудка, развиваются острые пептические язвы.
По мере очищения от некротических масс выявляется дно острой язвы, которое образовано мышечным слоем, иногда серозной оболочкой. Часто дно окрашено в грязно-серый или черный цвет вследствие примеси гемоглобина. Глубокие дефекты слизистой нередко приобретают воронкообразную форму, причем основание воронки обращено к слизистой, а верхушка — к серозному покрову.