Патологическая физиология (лат. patos — "страдание") — наука, устанавливающая функциональные взаимосвязи в больном организме, выявляющая общие закономерности возникновения, развития и исхода патологических процессов и заболеваний. Объектом изучения патологической физиологии является болезнь человека, а основным методом — научный эксперимент по моделированию болезни и изучению механизмов ее развития.
Патологическая физиология как самостоятельная наука возникла в XIX в. на основе патологической анатомии. Более ста лет назад это была одна наука. Разделение ее обусловлено тем, что только морфологического анализа для понимания динамики патологического процесса стало недостаточно.
В 1869 г. была учреждена новая кафедра, названная кафедрой общей патологии (в дальнейшем патологической физиологией). Основателями патологической физиологии в России являются три выдающихся ученых: В. В. Пашутин, А. Б. Фохт и В. В. Подвысоцкий. Особая заслуга В. В. Пашутина (1845-1901) состоит в том, что он сформировал задачи новой науки и реализовал их на практике. В 1874 г. он организовал кафедру общей и экспериментальной патологии в Казанском университете, а через пять лет такую же кафедру в Военно-медицинской академии в Петербурге. Им было написано первое руководство по общей патологии, где большое внимание уделялось вопросам обмена веществ в здоровом и больном организме. На кафедре в крупных масштабах было проведено исследование по голоданию. Впервые в мире внедрил экспериментальный метод исследования — прямой калориметрии.
Одновременно с Петербуржской создавалась и Московская школа патофизиологов, которую возглавил А. Б. Фохт (1848-1930). Особенностью этой школы являлось ее тесная связь с клиникой. Научные исследования А. Б. Фохта касались патологической физиологии сердца и сосудов. Впервые изучил значение перикарда для функции сердца.
Третья патофизиологическая школа сформировалась на Украине. Ее возглавил В. В. Подвысоцкий (1857-1913), канцерогенеза, инфекционной патологии и эпидемиологии. В лаборатории В. В. Подвысоцкого работали два будущих президента Академии наук УССР — микробиолог Д. К. Заболотный и патофизиолог А. А. Богомолец. Здесь впервые была получена живая холерная вакцина. А. А. Богомолец в 29 лет стал профессором Саратовского университета в 1911 г. Со своими учениками внес большой вклад в различные области патологической физиологии, но больше всего усилий А. А. Богомолец приложил к изучению физиологической системы соединительной ткани. Патологическая физиология как самостоятельная наука, впервые возникнув в России, успешно развивалась в СССР. Самостоятельные кафедры работают ныне во всех медицинских вузах.