Вегетативные формы микробов без доступа кислорода относительно быстро отмирают, особенно под влияние мгнилостной флоры. Они быстро погибают при нагревании до 50 °С в течение 30 мин, при температуре 75 — 80°С — через минуту, а при воздействии различных дезинфицирующих средств — от действия сулемы, формальдегида, хлора в обычных концентрациях, гибель возбудителя наступает через несколько мин. К низкой температуре бациллы сибирской язвы весьма устойчивы.
Сибиреязвенные споры высоко устойчивы во внешней среде. В воде сохраняются жизнеспособными в течение нескольких лет, в почве — десятки лет; сухой жар губит их при 140 °С за 3 ч, кипячение — через 45-60 мин. Споры устойчивы и к дезинфицирующим средствам; в шкурах животных, выделанных дублением, они могут сохраняться живыми длительное время, засаливание мяса не уничтожает спор.
Выявление специфических свойств и отношение возбудителя к внешней среде имеют большое значение в связи с трудностями дифференциальной диагностики. В природе широко распространены ложносибиреязвенные палочки, которые морфологически невозможно отличить. Помимо этого имеются и другие спорогенные аэробы, такие как сенная, картофельная, капустная и корневидная палочки, которые могут находиться в различных объектах среды. Из старых лабораторных культур, почвы и сточных вод выделен специфический сибиреязвенный фаг, используемый для дифференциальной лабораторной диагностики возбудителя сибирской язвы.