Материалом для исследования служат: мокрота, слизь, взятая стерильным тампоном из носоглотки больного, гной, различные выпоты, пунктаты, кровь. Исследованию подвергают преимущественно мокроту или носоглоточную слизь.
Микроскопическое исследование -делают мазки на двух предметных стеклах; один из мазков окрашивают по Граму, а другой — разведенным карболовым фуксином (краска Пфейффера). При нахождении в мазках ланцетовидных диплококков, окруженных светлой зоной неокрасившейся капсулы ориентировочно устанавливают пневмококковую этиологию. Обнаружение расположенных цепочкой грамположительных кокков позволяет подавить предварительный диагноз стрептококковой инфекции. Характерная морфология расположения группами в виде гроздей винограда и положительной окраски по Граму позволяют установить наличие стрептококков. Обнаружение в мазках мелких грамотрицательных палочек, часто образующих гнездные скопления и нередко полярно окрашенных, указывает на палочку Пфейффера. Грамотрицательные диплобациллы различной величины, окруженные капсулой в виде светлого ореола, говорят о наличии диплобациллы Фридлендера. Микроскопический диагноз ориентировочный и предварительный.