Наиболее ранним простым методом исследования является бактериоскопия мазка спинномозговой жидкости. Для этого из осадка приготовляется мазок, фиксируется, окрашивается метиленовой синькой или по Граму. Обнаружение внутри и внеклеточно расположенных грамотрицательных диплококков, имеющих типичную морфологию, является важным диагностическим признаком. Бактериоскопическим анализом диагноз подтверждается в 50-70 % случаев. Выделение чистой культуры менингококка из ликвора более достоверно, но занимает 3-4 дня. Предварительный ответ может быть получен через сутки.
Бактериологический метод по частоте обнаружения возбудителя уступает бактериоскопическому. При одновременном использовании обоих методов частота подтверждения диагноза достигает 70 %. Отрицательные результаты бактериологического исследования не исключают менингококковой природы заболевания.
П. П. Чибирас предложена бактериоскопия мазков крови или толстой капли крови в целях обнаружения менингококка. Метод прост и высоко результативен, является экспресс-методом. Мазки крови окрашиваются после фиксации по Романовскому-Гимзе, а препараты толстой капли — без фиксации 1%-ным водным раствором метиленовой синьки в течение двух минут. В мазках крови почти в каждом поле зрения удается обнаружить 5-20 менингококков, фагоцитированных нейтрофильными лейкоцитами. Аналогичным методом предлагается исследовать спинномозговую жидкость.
Серологические методы диагностики последнее время не нашли широкого применения в силу малой результативности.
Из иммулогичесих методов наиболее чувствительны и информативны реакция непрямой гемагглютинации и иммуноферментный метод.