Основным признаком проявления как первичной, так и вторичной иммунной недостаточности является острая или хроническая инфекция, трудно поддающаяся обычной антибактериальной терапии. В случае кожно-слизистого кандидоза грибковый стоматит трудно поддается лечению, а при хронической гранулематозной болезни на лечение инфекции затрачиваются месяцы. У больных с иммунодефицитами инфекции протекают необычно тяжело или атипично.