По течению различают острый и хронический пиелонефрит, по морфологическим признакам — первичный и вторичный.
При первичном пиелонефрите нет аномалий мочевой системы. Вторичный пиелонефрит возникает на фоне органических или функциональных аномалий почек и мочевых путей, сопровождающихся нарушениями пассажа мочи, обменными нарушениями и пр.