В последнее время благодаря успехам молекулярной генетики разработан принципиально новый метод изучения хромосом — метод флюоресцентной гибридизации in situ. Суть метода в последовательной обработке денатурированного препарата хромосом специфическими однонитевыми последовательностями ДНК с присоединенным биотином (ДНК-зонды) и веществами с флюоресцентными красителями. Затем с помощью люминесцентного микроскопа окрашенные хромосомы визуализируются на фоне неокрашенных. Такой метод применяется очень широко от локализации гена до расшифровки сложных перестроек между несколькими хромосомами. Соединение молекулярно-генетических и цитогенетических методов делает почти неограниченными возможности диагностики хромосомных аномалий, как очень сложных, так и очень мелких по размерам. Флюоресцентная гибридизация in situ применяется для учета симметричных хромосомных аберраций у лиц облученных много лет назад ионизирующим излучением. Также этот метод применяется для диагностики анэуплоидий в интерфазных ядрах. Например, специфичным для хромосомы 21 зонд ДНК с биотином, гибридизируют с денатурированными клетками из амниотической жидкости на предметном стекле. В норме, то есть если у плода есть дисомия по хромосоме 21, в ядре будут видны две флюоресцирующие точки. Если у плода трисомия, то в ядре будут видны 3 точки. Такой прием называют интерфазной цитогенетикой. Метод прост, экономичен и требует мало времени (несколько часов).