В своих опытах Мендель имел дело с признаками полного доминирования, поэтому гетерозиготные особи в его опытах оказались неотличимы от доминантных гомозигот. Но в природе наряду с полным доминированием часто наблюдается неполное доминирование, т. е. гетерозиготы имеют собственный фенотип. Так, у душистого горошка известны две расы — с красными и белыми цветами. Гибриды, полученные при скрещивании этих рас, имеют промежуточную розовую окраску. Во втором поколении расщепление по фенотипу соответствует расщеплению по генотипу, то есть в отношении 1 красный : 2 розовых : 1 белый.