В цитоплазме сильно развита внутренняя система мембран, отграничивающая замкнутые реакционные пространства. Эти пространства могут быть узкими (у плоских листовидных или трубчатых цистерн) или пузыревидно расширенными (у мелких пузырьков или крупных вакуолей). Между различными компонентами существуют многообразные структурные и функциональные отношения.