- Всероссийский центр МК Защита и его клинические базы;
- региональные центры МК (Новосибирск, Хабаровск, Москва, Чита, Екатеринбург, Казань, Ростов, Санкт-Петербург, Красноярск, Самара);
- территориальные центры МК (краевые, областные, городские);
- межрайонные (зональные) центры МК;
- клиники региональных (территориальных) центров МК;
- территориальные ЛПУ здравоохранения (согласно плану на ЧС);
- базы, склады спецмедснабжения;
- учебные заведения по подготовке медицинских работников (первичной и последипломной) по медицине катастроф.
Органы руководства и управления службы МК:
- МЗ РФ (отдел МК);
- территориальные органы управления (отделения МК) территорий РФ;
- межведомственные координационные комиссии;
- штабы Всероссийской службы МК;
- штабы медицинской службы гражданской защиты.
Начальником Всероссийской СМК является министр здравоохранения РФ.