Эндокард образован из коллагеновых и эластических волокон, среди которых располагаются соединительнотканные и гладкомышечные клетки. Со стороны полостей сердца эндокард покрыт эндотелием. Эндокард выстилает все полости сердца, плотно сращен с подлежащим мышечным слоем, следует за всеми его неровностями, образуемыми мясистыми трабекулами, гребенчатыми и сосочковыми мышцами, а также их сухожильными выростами.
На внутреннюю оболочку отходящих от сердца и впадающих в него сосудов — полых и легочных вен, аорты и легочного ствола — эндокард переходит без резких границ.
В предсердиях эндокард толще, чем в желудочках, при этом он более утолщен в левом предсердии, менее — там, где покрывает сосочковые мышцы с сухожильными хордами и мясистые трабекулы.
В наиболее истонченных участках стенок предсердия, где в их мышечном слое образуются промежутки, эндокард близко соприкасается и даже срастается с эпикардом. В области фиброзных колец, предсердно-желудочковых отверстий, а также отверстий аорты и легочного ствола эндокард путем удвоения своего листка, дупликатуры эндокарда, образует створки митрального и трехстворчатого клапанов и полулунные клапаны легочного ствола и аорты.
Волокнистая соединительная ткань между обоими листками каждой из створок и полулунных заслонок соединена с фиброзными кольцами и таким образом фиксирует к ним клапаны.