Памфлет Сильвия сыграл роковую роль в жизни Везалия. Этот проникнутый злобной и ревнивой завистью документ объединил врагов отца анатомии и создал вокруг его непорочного имени атмосферу общественного презрения среди консервативного лагеря тогдашних ученых медиков. Везалия обвиняли в непочтительном отношении к учениям Гиппократа и Галена, которые не были формально канонизированы всемогущей тогда католической церковью, но суждения их и особенно авторитет были приняты как непререкаемые истины Священного писания, и возражать против них было равносильно неприятию последнего. Кроме того, Везалий был учеником Сильвия, пользовался его научными советами, и если Сильвий упрекал Везалия в клевете, то инкриминированное им обвинение казалось правдоподобным. Сильвий не бескорыстно отстаивал авторитет Галена. Его возмущение было связано с тем, что, подрывая авторитет Галена, Везалий уничтожал и его самого, ибо знания Сильвия покоились на тщательно изученных и передаваемых ученикам текстов классиков медицины.
Памфлет Сильвия нанес смертельную рану Везалию, от которой тот уже не оправился. В Падуе возникла оппозиция научным взглядам Везалия. Одним из наиболее активных его противников оказался его ученик и заместитель по кафедре Реальд Коломбо (ок. 1516—1559). После появления инсинуации Сильвия Коломбо резко изменил отношение к своему учителю: стал критиковать, старался дискредитировать перед студентами. В 1544 году, когда Везалий покинул Падую, Коломбо был назначен на кафедру анатомии, но проработал профессором кафедры только год. В 1545 году он переехал в университет Пизы, а затем, в 1551 году, занял кафедру в Риме, где работал до самой смерти. Габриель Фаллопий (1523— 1562) сменил на падуанской кафедре Коломбо и объявил себя наследником и учеником Везалия, продолжив с честью его традиции.
Злобные измышления Сильвия привели к тому, что доведенный до отчаяния Везалий прекратил свою исследовательскую работу и сжег часть своих рукописей и материалов, собранных для дальнейших трудов. Везалий вынужденно в 1544 году перешел на поприще врачебной деятельности, на службу к Карлу V. В то время Карл V воевал с Францией, и Везалий в качестве главного военного хирурга должен был отправиться на театр военных действий. Война закончилась в сентябре 1544 года, и Везалий уехал в Брюссель, где вскоре умер его отец. После смерти отца Везалию досталось наследство, и он решил обзавестись семьей. В январе 1545 года в Брюссель прибыл Карл V, и Везалий должен был принять на себя обязанности лечащего врача императора. Карл страдал подагрой и отличался неумеренностью в еде. Везалию приходилось прилагать титанические усилия, чтобы облегчить страдания императора. После отречения Карла V, в 1555 году, Везалий перешел на службу к его сыну, Филиппу II. В 1559 году Филипп II со своим двором переехал из Брюсселя в Мадрид, и Везалий с семьей последовал за ним.
Испанская инквизиция стала нещадно преследовать Везалия, обвиняя его в том, что, препарируя труп, он якобы зарезал живого человека, и в конце концов приговорила его к смертной казни. И только благодаря заступничеству Филиппа II казнь была заменена паломничеством в Палестину к Гробу Господню. Возвращаясь обратно из этого опасного и трудного по тому времени путешествия, при входе в Коринфский пролив, корабль Везалия потерпел крушение, и отец современной анатомии был выброшен на небольшой остров Занте, где тяжело заболел и умер 2 октября 1564 года, 50 лет от роду. На этом уединенном острове, покрытом соснами, упокоилась навечно душа великого анатома.
М.С. Шойфет, "Сто великих врачей"