Разойдясь с Фрейдом, Юнг выдвинул собственную систему, названную им «аналитической психологией». Одним из ее центральных пунктов стало учение о коллективном бессознательном, в образах которого, так называемых архетипах, Юнг видел источник общечеловеческой символики, в том числе мифов и сновидений («Метаморфозы и символы либидо»).
Представляет интерес, что Юнг расстался и с Блейлером, своим учителем по психиатрии. Блейлер и Юнг никогда не были в хороших отношениях, и всего лишь год спустя после второго психоаналитического конгресса их личные отношения практически прекратились. Юнг объяснял это тем, что он дал себя убедить Фрейду выпить вина. Для Блейлера абсолютная воздержанность от алкоголя являлась религией, как это было и с его предшественником Огюстом Форелем.
В 1916 году в Цюрихе вокруг Юнга формируется группа сторонников его идей — «психологический клуб». Формой работы клуба были семинары, протоколы которых сохранились. Как врач-психотерапевт, Юнг пользуется большой популярностью — пациенты приезжали к нему из Англии, Америки и других стран. В последующие 20 лет Юнг занимается исключительно психотерапией — в эти же годы пишет свои основные труды. В 1920 году совершает путешествие в Алжир, Тунис и большую часть Сахары, где с большим интересом знакомится с неевропейской культурой. В 1921 году Юнг пишет «Психологические типы» — труд, который оценивается специалистами не только как его теория об интро- и экстраверсии, но и как общий взгляд на его теорию бессознательного, а более поздние труды — лишь как разработка мыслей, содержащихся в этой книге. В 1924-1925 годах во время поездки в США посетил индейское племя пуэбло в Мексике, в 1926 году был в Кении.
В 30-е годы к Юнгу пришла слава, его влияние растет и распространяется на культуру и литературу. Юнг обращается к алхимии, в которой, как и в опытах медиумов (интерес к ним не оставлял его всю жизнь), видит предшественников психологии бессознательного. В 1937 году он посещает Индию и Цейлон (теперь Шри-Ланка), интересуется древней индийской философией и религией. В 1948 году в Цюрихе открылся институт Юнга для обучения его теории и методам аналитической психологии. Созданная Юнгом аналитическая психология развивает учение Фрейда о бессознательном и является одним из направлений классического психоанализа. Попытки Юнга использовать разнообразные философские течения, в том числе восточную философию, мифологию, алхимию, вылились в итоге в произвольные метафорические описания (что нашло отражение, например, в названиях архетипов бессознательного), мистифицирующие бессознательную психику. Созданный Юнгом вариант ассоциативного эксперимента, его типология личности получили распространение в психологии, психотерапевтической и психоаналитической практике.
6 июня 1961 года в Кюснахте остановилось сердце мудрого доктора и психолога, проповедника и пророка.
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»