По словам П.К. Анохина, Тарханов отнесся к диссертанту чрезвычайно строго: «…неприязнь чувствовалась в каждом возражении; врачи, присутствовавшие на защите, которым Павлов помогал при выполнении диссертаций, старались успокоить своего любимца тем, что сочли придирки Тарханова завистью».
Инцидент не был исчерпан. Павлов послал три работы для представления на конкурс на премию имени митрополита Макария: «Блуждающий нерв как регулятор общего кровяного давления» и две работы «О центробежных нервах сердца», одна из них — диссертационная. Тарханов, по словам Анохина, «тщательно проработал труды Павлова и дал отрицательный отзыв, вследствие чего Павлов никакой премии не получил». Возможно, что в этом поступке Тарханова сыграло роль неупоминание Павловым работ самого Тарханова. В дальнейшем между ними восстановились хорошие отношения. В 1890 году, когда выставлялась кандидатура Павлова на кафедру фармакологии, профессор химии Соколов подает отвод, считая, что физиолог не должен быть избираем профессором на кафедру фармакологии. Защитником Павлова, помимо Манассеина и Пашутина, выступает Тарханов. В дальнейшем Тарханов принимает участие в «павловских средах», встречается с Павловым на заседаниях Общества русских врачей в Петербурге, их участие в прениях не носит следов неприязни. В 1895 году, в день двадцатипятилетнего юбилея Тарханова, Павлов вместе с Ненцким поздравляют юбиляра от имени Института экспериментальной медицины.
В течение 22 лет, с 1877 по 1895 год, профессор Тарханов занимал кафедру физиологии Петербургского университета и Военно-медицинской академии. За это время он выполнил около 30 работ. В декабре 1894 года реакционно настроенная администрация Военно-медицинской академии во главе с профессором Пашутиным воспользовалась возможностью освободиться от слишком либерального ученого секретаря и профессора Тарханова. Он был отчислен от должности секретаря, а 2 марта 1895 года уволен из Академии за выслугой лет, не достигнув 50-летнего возраста, оставив созданную на протяжении многих лет прекрасно оборудованную лабораторию. На страницах газеты «Новое время», журнала «Врач» разворачивается травля Тарханова. Метод «Определения объема массы крови», предложенный Тархановым, стал предметом злобных выпадов со стороны отдельных работников Военно-медицинской Академии. В газетах начали появляться анонимные письма, осмеивающие данный метод… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»