С 1862 по 1893 год он работает в 4-м отделении неврологической клиники Сальпетриера. Когда Шарко приступил к чтению курса по неврологии, медицинский факультет не мог предоставить ему иного помещения, кроме освободившейся кухни или упраздненной аптеки. Столь же мало интереса проявляли студенты. В первый год на его лекции ходил лишь один молодой врач. Однако все это мало беспокоило Шарко, который активно превращал Сальпетриер из приюта в больницу, в центр научных исследований и подготовки молодых врачей. В 37 лет он достиг вершин в изучении неврологических заболеваний, всегда остававшихся за семью печатями. После того как он воцарился в Сальпетриере, клинику стали называть Меккой неврологов. Когда Шарко шествовал через старые палаты больницы для хронических больных, комментируя каждый случай болезни нервной системы и давая ему название в ярко выраженной патриархальной манере, за ним следовал огромный шлейф ассистентов, жадно ловивших каждое его слово.
Профессор Шарко — великая личность: любезный, добродушный, остроумный, выделяющийся среди других врожденным превосходством. Он увлекается философией, литературой, очень любит живопись и сам неплохо рисует, иллюстрируя свои монографии. Его личные коллекции предметов искусства составили впоследствии собрания двух музеев. Шарко быстро стал достопримечательностью Парижа. Его имя гремит по всему миру. К нему стекаются ученики изо всех стран. Никто не смеет называть себя образованным врачом, не побывав у Шарко в Сальпетриере, из которого он сделал академию современной неврологии.
Считалось, тот не врач по нервным болезням, кто не прослушал его курса лекций. Никто до него и после него не оказывал такого влияния на неврологический мир. Одно имя Шарко на обложке обеспечивало успех журналу. Предисловие Шарко гарантировало успех книге, а поддержка Шарко определяла успех в жизни. Одного его слова оказывалось достаточно, чтобы предопределить результат любого экзамена или конкурса — собственно говоря, он был некоронованным властелином всей французской медицины.
В его приёмную в Сен-Жерменском предместье стекаются больные со всего света и нередко много недель ожидают, чтобы их пригласили во внутреннее святилище — его огромную библиотеку, где Шарко сидел у окна. Было что-то сверхъестественное в том, как он обнаруживал самый корень болезни. Для этого ему часто бывало достаточно одного взгляда его холодных орлиных глаз. Шарко рвут на части, приглашая читать лекции и консультировать во все страны мира. Когда-то он начинал бедняком в больнице, теперь становится «царём врачей». Шарко состоял президентом, вице-президентом, почетным и действительным членом 55 академий, университетов и научных обществ. О нем говорили: «Шарко исследует человеческое тело, как Галилей исследовал небо, Колумб — моря, Дарвин — флору и фауну земли»… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»