Цензор Веселовский в своей докладной записке пишет, что сочинение Сеченова «подрывает религиозные верования и нравственные и политические начала». Тайный советник Пржецлавскии, второй цензор из министерства внутренних дел, обвинил Сеченова в том, что тот, приводя человека «в состояние чистой машины», ниспровергает все моральные основы общества, уничтожает религиозный догмат жизни будущей. Министр внутренних дел 3 октября запрещает публикации в журнале «Современник» труда Ивана Михайловича «Попытка ввести физиологические основы в психические процессы». Под измененным названием «Рефлексы головного мозга» это сочинение публикуется в журнале «Медицинский вестник».
4 апреля 1864 года Сеченов утвержден в звании ординарного профессора физиологии Медико-хирургической академии. Спустя три года Иван Михайлович предпринял попытку издать свой главный труд отдельной книгой. В 1866-1867 годах последовало запрещение издания «Рефлексы головного мозга» отдельной книгой. Судебная тяжба. Министр внутренних дел Валуев пишет управляющему министерством юстиции князю Урусову о «Рефлексах» следующее:
«Смысл и значение предлагаемой им теории понятны. Объяснить в общедоступной книге, хотя бы и с физиологической точки зрения, внутренние движения человека действиями внешних влияний на нервы и отражением этих влияний на головной мозг — не значит ли выставлять на место учения о бессмертии духа новое учение, признающее в человеке лишь одну материю… и, по мнению Вашего сиятельства, сочинение Сеченова неоспоримо вредного направления.»
Последовал арест тиража книги. В свет выходит книга «Физиология нервной системы». 31 августа 1867 года было сделано распоряжение о снятии ареста с «Рефлексов головного мозга», и она вышла в свет. В 1867-1868 годах Сеченов работал в Австрии, в городе Граце, в лаборатории своего друга Роллета. Открыл явления суммации и следа в нервных центрах. Опубликовал труд «Об электрическом и химическом раздражении спинномозговых нервов лягушки».
В Российской Академии наук по разряду естествознания не было ни одного русского имени. Вопрос о том, кто будет избран в Академию наук на кафедру физиологии, волновал не только ученых. В декабре 1869 года Сеченова избирают членом-корреспондентом Академии наук. 20 декабря 1869 года он выходит в отставку из Медико-хирургической академии в связи с забаллотированием близкого друга И.И. Мечникова в профессора академии.
Подводя итоги, следует подчеркнуть один важный момент: открытие механизмов, которые управляют психической жизнью человека, этот необычайно важный раздел науки о жизни мозга, начинается с трудов Ивана Михайловича Сеченова. Это он, Сеченов, а позже Павлов, Введенский, Ухтомский, Бехтерев и другие русские ученые создавали физиологию высшей нервной деятельности.
2 ноября 1905 года великий физиолог Иван Михайлович Сеченов преставился от крупозного воспаления легких. У самого гроба стояли две женщины. Одна — жена, Мария Александровна Бокова, стояла, будто окаменела, держа своей рукой руку покойника, словно хотела удержать его от непоправимого шага. Другая — Нежданова, потрясенная душа, проговаривала, глотая слезы, скорбные слова молитвы. Похоронили Ивана Михайловича Сеченова на Ваганьковском кладбище. Спустя много лет прах великого физиолога был перенесен на Новодевичье кладбище.
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»