При поддержке Гёте и Гумбольдта в 1822 году ему было предоставлено место профессора на кафедре физиологии Бреславльского университета. Поскольку эту должность он занял вопреки желаниям сотрудников факультета, которые хотели избрать своего кандидата, оппозиция росла с каждым днем. Недовольство деятельностью Пуркине выражалось по надуманным причинам. Например, его обвиняли в том, что он свои лекции сопровождал опытами на животных (заметим, этот прогрессивный способ преподавания использовался впервые), а также то, что читал лекции с заметным чешским акцентом.
Его во всем ограничивали. Руководство университета отказалось выделить ему микроскоп. Лишь спустя 10 лет Пуркине удалось основать на кафедре научную лабораторию. Но и тогда это вызвало бурю протестов, что заставило его организовать лабораторию с подопытными животными у себя дома. Несмотря на тяжелейшие условия, Пуркине выполнил ряд фундаментальных работ в офтальмологии. Его работы по изучению зрительного восприятия сыграли большую роль в развитии офтальмометрии и офтальмоскопии и легли в основу разработанной впоследствии теории центрального и периферического зрения. Он открыл и описал явления зависимости различного изменения яркости объектов разной окраски при изменении освещения от длины волны каждого данного цвета (явление Пуркине). Ему принадлежат также работы о зрительных следах («фаза Пуркине») и о зрительных ощущениях, вызываемых неадекватными раздражителями (например гальваническим током).
Ян Пуркине с 1850 года — профессор университета в Праге. Это был человек энциклопедических знаний, хорошо разбирающийся в различных науках и владеющий 13 языками, в том числе и русским. Он читал лекции по антропологии, анатомии, эмбриологии, гистологии, экспериментальной и прикладной физиологии, физической механике, физиологической химии, физиологической психологии и философии природы, или натурфилософии.
Профессор Пуркине внес весомый вклад и в эмбриологию. В 1825 году, изучая развитие куриного зародыша, он открыл ядро яйцевой клетки, которое назвал «зародышевым пузырьком», и описал изменение яиц и зародышей на различных стадиях развития. В 1832 году Пуркине создал первую гистологическую лабораторию, в которой зародилась гистология как наука. Сотрудники этой лаборатории стали активно публиковать свои научные исследования, что явилось развитием гистологии. Пуркине впервые применил уплотнение исследуемых тканей, ввел в гистологическую технику бальзам, просветление тканей в скипидаре и оливковом масле, краски (индиго), усовершенствовал микроскоп, сконструировал микротом и «компрессориум» (прообраз микроманипулятора)… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»