В 1846 году по проекту Пирогова в Медико-хирургической академии был создан первый в России анатомический институт, что позволило студентам и врачам заниматься прикладной анатомией, упражняться в производстве операций, а также вести экспериментальные наблюдения. Создание госпитальной хирургической клиники, анатомического института позволило Пирогову осуществить ряд важных исследований, определивших дальнейшие пути развития хирургии. Придавая особое значение знанию анатомии врачами, Пирогов в 1846 году опубликовал «Анатомические изображения человеческого тела, назначенные преимущественно для судебных врачей», а в 1850 году — «Анатомические изображения наружного вида и положения органов, заключающихся в трех главных полостях человеческого тела».
После смерти жены, Екатерины Дмитриевны Березиной, Пирогов дважды хотел жениться. По расчету. Не верил, что еще сможет полюбить. Жена, оставив Пирогову двоих сыновей, Николая и Владимира, умерла в январе 1846 года, двадцати четырех лет, от послеродовой болезни. В 1850 году Николай Иванович наконец-то влюбился и женился. Четыре месяца до брака он бомбардировал невесту письмами. Он отправлял их несколько раз на дню — три, десять, двадцать, сорок страниц мелкого убористого почерка! Он раскрывал невесте свою душу, свои мысли, взгляды, чувства. Не забывая и свои «худые стороны», «неровности характера», «слабости». Он не хотел, чтобы она любила его только за «великие дела». Он хотел, чтобы она любила его такого, какой он есть. Пока он готовился к свадьбе с девятнадцатилетней баронессой Александрой Антоновной Бистром, племянницей генеральши Козен, умерла его мать.
Известен метод Пирогова «ледяной скульптуры». Да простится автору эта улыбка: маньякам дальнейшее читать запрещается, дабы не стало руководством к действию. Поставив перед собой задачу — выяснить формы различных органов, их взаиморасположение, а также смещение и деформацию их под влиянием физиологических и патологических процессов, Пирогов разработал особые методы анатомического исследования на замороженном человеческом трупе. Последовательно удаляя долотом и молотком ткани, он оставлял интересовавший его орган или систему их. В других случаях специально сконструированной пилой Пирогов делал серийные распилы в поперечном, продольном и передне-заднем направлениях. В результате проведенных исследований им был создан атлас «Топографическая анатомия, иллюстрированная разрезами, проведенными через замороженное тело человека в трех направлениях», снабженный пояснительным текстом… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»