Кроме снятия цепей, Пинель добился введения в практику содержания душевнобольных больничного режима, врачебных обходов, лечебных процедур и много другого, в чем нуждались больные. В 1798 году были сняты цепи с последних больных Бисетра, так был положен конец ужасной несправедливости, противоречащей элементарным принципам человеческой гуманности.
В Конвенте не разделяли революционных действий Пинеля. Он был на дурном счету у революционных властей; думали, что Пинель держит под видом душевнобольных врагов народа. Доктор Пинель систематически отказывался выдавать революционному трибуналу тех, кто по случаю душевного заболевания находился у него в больнице, хотя в глазах тогдашней власти они были политически неблагонадежными. На обвинения в сокрытии преступников Пинель отвечал, что эти подозрительные на самом деле душевнобольные люди. Хорошо известно, что противодействие властям в то время требовало немалого гражданского мужества, любого могли отправить на эшафот без суда и следствия. Кутон как-то сказал Пинелю: «Гражданин, я буду завтра у тебя в Бисетре, и если ты скрываешь у себя врагов революции, то горе тебе». На следующий день его принесли в больницу, и он пытался выявить «преступников». Ничего не добившись, он ретировался на руках жандармов.
По инициативе Кутона Пинеля сместили с должности. Спустя два года, 13 мая 1795 года, его назначили старшим врачом в госпиталь Сальпетриер, где он провел реформы, аналогичные реформам Бисетра. Примечательно, что надзиратель Пюссен, бывший помощник Пинеля в Бисетре, перешел с ним в Сальпетриер, где впоследствии ему и Пинелю поставили памятники. В 1794 году Пинель издал свою «Философскую нозографию», которая была отмечена Парижской Академией наук как одно из произведений, делающих честь французской науке. Монография Пинеля была переведена на несколько иностранных языков и в течение 25 лет служила настольной книгой для студентов. Ее значение признавал Биша. В Сальпетриере Пинель продолжил свои клинические наблюдения, которые были использованы в его «Трактате о мании» (1801). В том же году он был избран профессором и с 1795 по 1822 год заведовал кафедрой внутренних болезней и психиатрии в Парижской Медицинской школе (Ecole de Sante). Его лекции были популярны у студентов. К этому времени относится названный его именем симптом, наблюдаемый при активном туберкулезе легких: резкая боль в грудной клетке и верхней половине живота при незначительном надавливании пальцами на шею в области прохождения блуждающего нерва… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»