Случайные, в общем-то, обстоятельства побудили Петтенкофера, увлеченного химией и техникой, заняться вопросами гигиены. Однажды ему было поручено выяснить, почему в королевском замке воздух такой сухой, что король постоянно чувствует першение в горле. После этого он занялся вопросами гигиены и на этом поприще завоевал себе славу и утвердил за собой репутацию первоклассного гигиениста. В 1865 году Петтенкофер возглавил кафедру гигиены Мюнхенского университета, созданную по его инициативе.
Основатель современной гигиены Макс фон Петтенкофер в 1879 году организовал первый в Европе институт гигиены и стал его директором. Будучи на посту главного гигиениста Мюнхена, он возвысил гигиену до уровня современной науки; изучил влияние внешних факторов: воздуха, воды, почвы, одежды, жилища на состояние здоровья общества и отдельных людей. Петтенкофер основал два специальных журнала. Первый в 1865 году «Zeitschrift fur Biologie» он издавал совместно с мюнхенскими профессорами Бюлем, Радлькофером и Фойтом. С последним Петтенкофер разрабатывал гигиенические нормы питания.
В сотрудничестве со своим другом физиологом Карлом Фойтом (1831-1908 гг) Петтенкофер произвел капитальную разработку целого ряда вопросов, касающихся дыхания, обмена воздуха в жилых помещениях, питания и обмена веществ в животном организме. Работы о проблемах дыхания привели его к изобретению известной, носящей его имя, респирационной камеры. Он написал книгу об оздоровлении городов; сочинение о канализации населенных пунктов и удалении из них нечистот и отбросов.
Начиная с 1883 года Петтенкофер окончательно специализируется на вопросах гигиены. Он передает первый журнал Фойту и организует новый журнал «Archiv fur Hygiene», который начал издавать в сотрудничестве с Форстером и австрийским бактериологом Гофманом (G. Hofmann, 1843-1890 гг).
Заслуживают внимания работы Петтенкофера в области охраны здоровья. В сотрудничестве с Цимсеном Петтенкофер в 1882 году издал руководство по гигиене, представляющее самый обширный и обстоятельный труд в европейской литературе. Петтенкофер исследовал строительные материалы и материалы, из которых шьется одежда, с точки зрения их проницаемости для воздуха. Эти работы обратили на себя внимание и были переведены на все европейские языки… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»