Волею судеб Петтенкофер закончил медицинский факультет Мюнхенского университета и в 1843 году стал врачом. В конце 1843 года Петтенкофер увлекся медицинской химией. Совершенствоваться в избранном направлении он отправился в Гисен к лучшему химику того времени профессору Юстусу Либиху. Петтенкофер гордился своим учителем, который в 1852 году по приглашению короля Максимилиана II переехал в Мюнхен, а в 1860 году возглавил Баварскую Академию наук.
Практической медициной Петтенкофер занимался лишь с 1845 по 1847 год. За неимением лучшего и под влиянием Елены Петтенкофер поступил, как в свое время Ньютон, на службу в монетный двор Мюнхена. Новая работа оказалась для него нелегким делом, поскольку он все же был врачом. Но Петтенкофера привлекало все новое, преодоление трудностей придавало особый смысл его деятельности.
Первые научные работы Петтенкофера, сделавшие его имя известным, относятся к области химии. В лаборатории монетного двора Петтенкофер разработал способ очищения благородных металлов: извлек минимальные количества драгоценной платины из серебряных талеров и открыл загадку античного пурпурного стекла; нашел метод обследования разных сортов гидравлической извести и т.д. Он работал то над одной, то над другой проблемой. В силу своего характера, он работал бессистемно, хватался за разные вопросы, но всегда находил в них подлинные золотые зерна.
В 1847 году Макса Петтенкофера заметили и пригласили на профессорскую должность в Мюнхенский университет на кафедру химии. Он открыл способ получения цемента, не уступающего по качеству английскому; изобрел метод получения светильного газа из дешевой древесины, содержащей много смолы. Не прошло и трех лет после окончания университета, а Петтенкофер был уже избран в Баварскую Академию наук.
В Базеле, где применили его метод, торжественно при широком участии населения отмечали праздник освещения города. Система при первой попытке отказала. Присутствующий при этом Петтенкофер чувствовал себя глубоко несчастным, по его щекам текли слезы стыда. Устремившись в Мюнхен, в свою лабораторию, он горел желанием быстро найти ошибку, явившуюся причиной неудачи. После двух суток работы и размышлений ошибка была найдена и устранена. К радости горожан, в Базеле заработало газовое освещение… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»