Весной 1809 года подал в отставку профессор Политковский — учитель Мудрова, руководитель кафедры патологии и терапии. 15 апреля 1809 года Мудров был утвержден в звании ординарного профессора кафедры патологии и терапии Московского университета, а через четыре года, в октябре, московского отделения Медико-хирургической академии (1813-1817 гг). В декабре 1811 года Мудров награждается орденом Владимира IV степени, а весной 1812 года его избирают деканом Московского медицинского факультета.
Началась новая глава в жизни Мудрова — руководителя терапевтической клиники, на базе которой образовалась целая терапевтическая школа, давшая многих известных профессоров и практических врачей. С его именем связана реорганизация преподавания медицинских наук; были введены практические занятия для студентов и преподавание патологической и сравнительной анатомии, усилено оснащение кафедр учебно-вспомогательными пособиями и т.п. Он создал первую школу русских терапевтов, рассматривавших болезнь как страдание всего организма; подчеркивал, что основная задача врача — распознавание и определение причин заболевания, проведение комплексных лечебно-профилактических мероприятий. Он первым заявил о медицине профилактической. А его работы по дизентерии, холере, в борьбе с которой он погиб, — разве это не подвиг врача, о котором, к сожалению, забыли?
Вместе с большинством домов в 1812 году сгорел Московский университет. Невзирая на протест жены, Матвей Яковлевич дает деньги на строительство нового здания для своего храма науки и передает свою и своего тестя библиотеки взамен сгоревших книг. В январе 1817 года был назначен новый попечитель Московского университета — Андрей Петрович Оболенский. Для Мудрова это была большая радость, так как тот был не только хорошим знакомым Матвея Яковлевича, но и его пациентом. Мудров просил князя Оболенского, чтобы он добился у императора Александра I ассигнований на строительство Медицинского института. В это время Александра Ивановича Голицына назначили министром народного просвещения, с ним Мудрова связывали долгие годы знакомства.
В 1819 году закончено сооружение нового анатомического театра, которое курировал при строительстве Мудров. Одновременно было подписано императором Александром I предложение московского генерал-губернатора и министерства просвещения о выделении денег на строительство университетской учебной больницы. Мудрову не терпелось как можно скорее получить учебную больницу и медицинский институт — первый медицинский институт в России… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»