Голицыны, устав от Парижа, собрались в Италию и зовут Мудрова с собой. Но он рвется в Россию и отказывается от лестного предложения. В начале 1807 года вместе с побежденной русской армией при Аустерлице Мудров возвращается на родину. Проезжая через Вильно, он получил просьбу правительства поработать в Главном госпитале действующей армии. Этот госпиталь, как и другие госпитали в Вильно, был переполнен больными солдатами. Пользование недоброкачественными продуктами во время похода привело к вскрытию острых кишечных заболеваний. В Вильно не хватало врачей. Эпидемия «заразительных кровавых поносов», как в то время называли дизентерию, охватила значительную часть армии.
В 1807 году Мудров издает сочинение о военно-полевой хирургии на французском языке «Принципы военной патологии». Этот труд был первым руководством по военно-полевой хирургии, написанный русским врачом. Он сыграл важную роль в подготовке военных врачей и организации лечения раненых в ходе Отечественной войны 1812 года. Эпидемия кончилась. Мудров выполнил поставленные перед ним задачи и возвратился в Москву. Работа Мудрова, его печатные труды были высоко оценены не только медицинским обществом, но и правительством. Он был награжден чином надворного советника, и единовременно из кабинета самого императора ему было выдано 2 тыс. рублей, что составляло приличную сумму. Руководство университета пожаловало Мудрову квартиру в университетском доме на Никитской улице.
М.Н. Муравьёв пригласил из Германии 11 профессоров. Германская методичность, германская логика, германская точность и научная добросовестность пользовались всемирным уважением. Новый ректор университета Ф.Г. Баузе из-за засилья немцев никак не находит места Мудрову. Военный министр граф А.А. Аракчеев вместе с Генеральным инспектором военной медицины небезызвестным лейб-медиком царя Я. Виллье представили предложение о подготовке врачей, и государь одобрил его. Керестури предложил Баузе организовать специальный курс по данному вопросу и дать его вести Мудрову, тем более что по поручению Петербурга он специально на Западе этот вопрос изучал. Так как все кафедры были заняты, Мудрова назначили профессором академического курса по преподаванию гигиены и военных болезней. 17 августа 1808 года Мудров впервые пришел в стены Московского университета как профессор, руководитель кафедры, преподаватель. И до 1831 года, до последних дней, его жизнь будет связана с университетом, который стал ему родным домом.
Матвей Яковлевич после Аустерлицкой битвы первым в России читает курс военной гигиены. Он автор первого руководства по военной гигиене, или науки сохранения здоровья военнослужащих, которое было опубликовано три раза — в 1809, 1813 и в 1826 годах. Он также один из основоположников русской военно-полевой хирургии и терапии. Знаменательно, что его учеником в университете был будущий великий хирург Н.И. Пирогов. Мудров любил говорить молодым врачам: «Держитесь сказанного Гиппократом. С Гиппократом вы будете и лучшие люди и лучшие врачи»… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»